ด้วยสมาคมฟ้าสีรุ้งแห่งประเทศไทยได้กำหนดให้มีการพัฒนาระบบบริหารจัดการภายในให้ทันสมัยและสอดคล้องกับสถานการณ์ปัจจุบัน โดยยึดตามพันธกิจ วิสัยทัศน์ของสมาคมฯ องค์กรพันธมิตรและชุมชนแผนนโยบายเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ สาหรับประโยชน์ในระดับต่าง ๆ เพื่อกำหนดทิศทางและดำเนินการบริหารจัดการ การทำงานภายในสังกัดองค์กรโดยให้สำนักงานต่าง ๆ ได้พัฒนาคุณภาพการจัดกิจกรรมการศึกษาวิจัย รูปแบบบริการอย่างต่อเนื่องเป็นระบบ สอดคล้องกับนโยบาย พันธกิจ วิสัยทัศน์ของสมาคมฯกำหนดไว้